В начале 1995 года Маттеус получил очередную тяжелую травму — разрыв ахилла, что незамедлительно сказалось на результатах «Баварии». А чтобы не получить травму позвоночника, Маттеус регулярно тренировался и посещал спортзал. Заниматься этим можно и в домашних условиях. На http://spinous.ru можно найти специальные упражнения, а также задать интересующие вопросы невропатологу онлайн. Вернулся Маттеус в строй только в конце года и следующей весной, посрамив скептиков, выиграл с «Баварией» Кубок УЕФА. Вскоре Маттеус поссорился с Берти Фогтсом, не попал на Евро-1996 и лишился капитанской повязки в «Баварии». Правда, эти события никак не сказались на результатах мюнхенского клуба, который под руководством Трапаттони в 1997-м вновь стал чемпионом Германии.

После отказа ввиду травмы Маттиаса Заммера от участия в ЧМ-1998 и развернутой газетой «Бильд-цайтунг» кампании в поддержку Маттеуса Фогтс в последний момент возвращает ветерана в сборную, и Лотар в возрасте 37 лет в пятый, и последний, раз в своей карьере становится участником чемпионата мира. Поражение в четвертьфинале от сборной Хорватии со счетом 0:3 стало последней, 25-й, игрой Маттеуса на мировых футбольных форумах. Та неудача, однако, не выбила нестареющего «вожака волчьей стаи» из колеи — в 38 лет он на высочайшем уровне провел очередной год и по итогам сезона-1998/99 вновь был признан лучшим футболистом Германии. Свой последний матч за «Баварию» Маттеус провел 8 марта 2000 года в Лиге чемпионов против мадридского «Реала», в котором немцы победили — 4:1.

Расставшись с «Баварией», Лотар отправился за океан, где с марта по сентябрь 2000 года поиграл в MLS за «Нью-Йорк/Нью-Джерси Метро Старз». Игры за океаном никак нельзя было занести в его актив, но тогдашний главный тренер сборной Германии Эрих Риббек перед Евро-2000 продолжал делать ставку на Маттеуса на позиции либеро. Прощание с «бундестим» оказалось с привкусом горечи — сборная Германии не смогла выйти из группы, уступив со счетом 0:3 португальцам. Та игра стала 150-й для Лотара Маттеуса за сборную, что явилось абсолютным достижением для немецкого футбола.